Djelatnici Arheološkog zavoda vodili od samog osnutka vodili su mnogobrojna arheološa istraživanja u Hrvatskoj, ali i inozemstvu. Upravo se zahvaljujući tim istraživanjima još unatrag mnogih desetljeća pokazala neprocjenjiva važnost nekih hrvatskih lokaliteta kao što su Danilo, Bribir, Vinkovci, Vučedol, Stari Jankovci-Gatina, Privlaka-Gole njive, Muzej grada Zagreba – samostan Klarisa i mnogi drugi. Na tim se lokalitetima provodila i studentska terenska nastava kao što se redovito provodi i na lokalitetima koji se danas istražuju. Arheološki zavod, a posebno djelatnici Katedre za opću srednjovjekovnu i nacionalnu arheologiju specijalizirali su se za vođenje i obučavanje studenta u radu na zaštitnim arheološkim istraživanjima. Među istraživanjima treba istaknuti sljedeća vrlo zahtjevna zaštitna arheološka istraživanja: istraživanje srednjovjekovnog groblja i naselja Đakovo-Župna crkva (1995-1997.), crkvenog središta Lobor-Majka Božja Gorska (1998.-2023.), istraživanje groblja oko predromaničke crkve Sv. Marija u Blizni kod Trogira (2001.), istraživanje sjeverozapadne antičke nekropole Siscije / Siska (2003.), istraživanje prapovijesnog i srednjovjekovnog naselja Stari Perkovci-Debela šuma (2006.), istraživanje prapovijesnog, antičkog i srednjovjekovnog naselja Josipovac-Verušed (2007.-2008.), istraživanje prapovijesnog i srednjovjekovnog naselja Josipovac-Selište (2007.-2008.), istraživanje ranoslavenskog paljevinskog groblja Belišće-Zagajci (2008.) i mnogih drugih. Među drugim istaknutim nalazištima na kojima se provodila arheološka istraživanja ili se još danas provode su Mujina pećina, podvodno paleolitičko nalazište Kaštel Štafilić, Velika pećina u kanjonu Kličevice, Vučedol, Bapska, Kaptol, Gardun (Tilurium), Jabuka-Velić, Sisak-Sv. Kvirin i Lobor, Majka Božja Gorska